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Description
(Text)
Dieses Buch bietet eine Einführung in die wichtigsten Algorithmen der Bioinformatik. Schwerpunkte sind die Methoden des Sequenzvergleichs und Verfahren zur Charakterisierung von Proteinfamilien, insbesondere Hidden-Markov-Modelle. Daneben werden Algorithmen zur Vorhersage der Proteinraum-, Proteinsekundär- und RNA-Sekundärstruktur vorgestellt. Der Text ist in sich geschlossen; er vermittelt die für das Verständnis erforderlichen statistischen und biologischen Grundlagen sowie eine Einführung in Genetische Algorithmen und Neuronale Netze.
Besonderer Wert wird auf die Vertiefung und Festigung der Kenntnisse durch praktisches Üben gelegt. Auf der Begleit-CD sind interaktive und internetbasierte Lektionen vorbereitet, deren Bearbeitung das Verständnis der relevanten Algorithmen wesentlich erleichtert. Sie führen in die Verwendung der wichtigsten Methoden ein und fördern die kritische Bewertung und Analyse der Verfahren und Ergebnisse. Zusätzlich können DNA- und Proteinraumstrukturen interaktiv untersucht werden.
Der Text ist geeignet für alle, die sich einen Einblick in die gängigen Bioinformatik-Methoden verschaffen wollen: Studenten der Biologie oder Informatik und diejenigen, die bereits bioinformatische Werkzeuge nutzen und daran interessiert sind, die zugrundeliegenden Konzepte zu verstehen.
(Table of content)
Aus dem Inhalt:
Vorwort
DIE BASIS, BIOLOGIE, SEQUENZEN, DATENBANKEN
Biologische Grundlagen
Sequenzen
Datenbanken
LERNEN, OPTIMIEREN UND ENTSCHEIDEN
Statistische Grundbegriffe
Neuronale Netze
Genetische Algorithmen
ALGORITHMEN DER BIOINFORMATIK
Dotplots
Die Berechnung der Ähnlichkeit von Sequenzen
Scoring-Matrizen
Die Komplexität von Sequenzen
Heuristische Verfahren des Sequenzvergleichs
Profilbasierte Methoden des Sequenzvergleichs
Charakterisierung von Proteinfamilien
Vorhersage der Proteinsekundärstruktur
Vorhersage der RNA-Sekundärstruktur
Grundlagen phylogenetischer Analyse
Vergleich von Protein-3D-Strukturen
Inverse Proteinfaltung
Hidden-Markov-Modelle
Modellstudie: Von der DNA zum annotierten Genom
Referenzen
(Review)
"...Durch die hervorragend auf das Textbuch abgestimmten Übungen auf der beiliegenden CD werden dem Leser zusätzlich Erfahrungen bezüglich der Aussagekraft dieser Methoden vermittelt. Dadurch ist dieses Buch auf dem besten Weg, ein Studienbegleiter für alle Einsteiger in die Welt der Genomforschung und Informatik zu werden." (Chemie in unserer Zeit)
