実験医学別冊<br> 型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari

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実験医学別冊
型で実践する生物画像解析 ImageJ・Python・napari

  • 著者名:三浦耕太【編】/塚田祐基【編】
  • 価格 ¥6,930(本体¥6,300)
  • 株式会社羊土社(2025/03発売)
  • 夏休みの締めくくり!Kinoppy 電子書籍・電子洋書 全点ポイント30倍キャンペーン(~8/24)
  • ポイント 1,890pt (実際に付与されるポイントはご注文内容確認画面でご確認下さい)
  • ISBN:9784758122801

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内容説明

画像解析スキルをさらに高めたい方に! あなたの研究目的にあった画像解析法をデザインするための基本戦略とツールの種類・使い方を「型」で体得する超・実践型教本.コーディング未経験でも,最先端の機械学習・深層学習ツールを取り入れた解析自動化や,バイアスの少ない解析を実現できる力が身に付く.

目次

【目次】
本書のねらい
執筆者一覧
データ,コード等のダウンロードについて

基礎編
1 序論 ―生物画像解析の枠組みを理解する
2 Jythonの基礎知識と書き方
3 napariの基礎知識と書き方
4 Google Colaboratoryの利用法 ―クラウドPythonプログラミング

実践編
1 核膜に移行するタンパク質の動態の測定
ImageJ/Fiji  Jython  MorphoLibJ  分節化 輝度測定 連結成分分析 多チャネル 時系列

2 電子顕微鏡画像のミトコンドリア分節化と形状のクラスタリング解析
Python  napari  PHILOW  深層学習 分節化 形状解析 3次元

3 腫瘍血管における3次元管状構造ネットワークの分析
ImageJ/Fiji  Jython  Ops  MorphoLibJ  AnalyzeSkeleton  ネットワーク構造解析 骨格化 3次元

4 細胞移動を定量するための粒子追跡(トラッキング)
ImageJ/Fiji  Jython  TrackMate  StarDist  機械学習 粒子追跡 時系列

5 細胞周期の蛍光プローブFucciの時系列データ解析
ImageJ/Fiji  Jython  TrackMate  粒子追跡 輝度測定 多チャネル 時系列

6 甲殻類モデル生物Parhyale hawaiensisの脚再生過程の細胞動態解析
ImageJ/Fiji  Mastodon  ELEPHANT  BigDataViewer  深層学習 細胞追跡 輝度測定 3次元 時系列 大規模データ

7 イネのデジタルカメラ画像によるバイオマス推定
Python  深層学習 画像認識 RGB 画像

論文投稿編
1 画像解析の再現性チェックリストとGitHubの活用
2 画像データリポジトリとデータベース ーそのしくみと活用法

発展編
1 Micro-Managerによる顕微鏡制御
2 イメージングデータの次世代ファイルフォーマット
3 生物画像解析の専門家ネットワークとGloBIAS

付録
1 分節化のための機械学習ツールのリスト
2 英日対訳表

索引

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