内容説明
GWASにおけるデータ検証(コールレイト、ハーディ・ワインベルグ平衡等のマーカーQC)から民族集団構造化問題(主成分分析EIGENSTRAT、ゲノミック・コントロール)などを実際の論文を挙げて解説し、Rパッケージを用いた分析手法の紹介、QQプロット、false discovery rate (FDR)、マイナーアレル頻度等からなるサンプルサイズの関係がわかりやすく説明されている。
目次
第1章 ゲノムデータ解析(ゲノムデータ解析の流れ
数値例:分析と結果
サンプルサイズ、検出力 ほか)
第2章 ハプロタイプ解析(ハプロタイプの推定
連鎖不平衡
ハプロタイプ・ブロックの同定 ほか)
第3章 遺伝疫学手法(サンプルQC
遺伝的インピュテーション
SNPデータを用いた遺伝率推定 ほか)