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神聖ドイツ帝国のヒトラー総統は、超潜空戦艦「信長」によって、日本を征服せんとする「サヨナラ」作戦を阻止されたことに激怒していた。だが、そんなことは南米大戦争の重大さに比べれば、些細な障害でしかない。ヒトラーは南米一の大国ブラジルを手中に入れるべく腹心のハイドリヒ国家公安本部長（ＳＤ）を南米に派遣していた。そのころ、織田信長艦長の親友であるベネズエラのロスバルト少将は海軍大臣に就任し、ドイツとブラジルの友好協定締結に反対せんとブラジルを訪ねていた。パーティの席上、信長の恋人ローザがハイドリヒに誘拐されてしまう。信長は単身、罠と知りつつローザを救出に向かう、もちろん秘策を胸に秘めて。尊い犠牲を払いながらアマゾン流域での戦いから超潜空戦艦「信長」に戻った織田艦長を新たな敵が待ち受けている。ローザの兄で妻子を「信長」の艦砲射撃で殺されたマクシミリアン少佐率いる「信長撃滅艦隊」が迫っている。この大艦隊に単艦の「信長」はどんな戦いを挑むのか？激闘は果たしてどんな決着を迎えるのか。
