クロマチン解析実践プロトコール - ChIP-seq、ATAC-seq、Hi-C、sm

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  • Kinoppy

クロマチン解析実践プロトコール - ChIP-seq、ATAC-seq、Hi-C、sm

  • ISBN:9784758122481

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内容説明

エキスパートらによる,エピゲノムによる遺伝子発現制御をさらに一歩深く見るための最先端プロトコール集.シングルセルレベルの解像度や,空間情報も求められる時代に,本当に使える実験法はこれだ!

目次

第1章 NGSによるクロマチン解析
1 転写因子の結合部位やヒストン修飾の集積する領域を特定するー実践的 ChIP-seq 〔プロトコール〕
2 少数サンプルよりタンパク質が結合しているDNA領域を特定するーCUT&RUN〔プロトコール〕
3 1細胞レベルで転写因子やヒストン修飾のゲノム上の局在を特定するーChIL-seq〔プロトコール〕
4 オープンクロマチン領域を特定するーATAC-seq〔プロトコール〕
5 メチローム解析のための高効率なライブラリー調製法ーtPBAT法〔プロトコール〕
6 1細胞全ゲノム複製ドメイン解析と核内コンパートメントの推定ーscRepli-seq法〔プロトコール〕
7 三次元クロマチン構造を捉えるーHi-C法〔プロトコール〕
8 限定した領域のクロマチン三次元構造を捉えるーCapture Hi-C法〔プロトコール〕
9 探索型解析によるクロマチンNGSデータ分析のコツ〔レビュー〕

第2章 イメージングによるクロマチン解析
I.固定細胞
1 標的タンパク質,RNA およびゲノム DNA を同時に見るーImmuno-RNA-DNA-FISH〔プロトコール〕
2 クロマチンアクセシビリティを見るーATAC-see〔プロトコール〕
3 1細胞内のRNA分子の局在可視化と絶対定量ーsmFISHとsmiFISH〔プロトコール〕
II.ライブイメージング
4 転写および翻訳のダイナミクスを1分子の解像度で追跡する技術〔レビュー〕
5 ショウジョウバエ初期胚を用いた転写活性の1細胞ライブ計測ーMS2/MCPシステム〔プロトコール〕
6 ゲノム上の特定領域をライブイメージングで捉えるーTetO/TetRシステム〔プロトコール〕
7 生きた細胞でクロマチン修飾変化を見るーMintbody〔プロトコール〕

第3章 最先端オミクス解析
1 イメージングによる空間配置情報を保持した1細胞トランスクリプトーム解析ーseqFISH+ 〔レビュー〕
2 局所的かつ高深度の空間トランスクリプトーム技術ーPhoto-Isolation Chemistry〔レビュー〕
3 空間的遺伝子発現が明らかにする新しい組織学研究ーVisium空間的遺伝子発現ソリューション〔レビュー〕
4 1細胞レベルで転写産物とタンパク質を同時に解析するーCITE-seq〔レビュー〕