内容説明
膨大なデータを扱うゲノム研究において、プログラミング知識は重要なスキルになっています。極めて強力なプログラミング言語でありながら、簡単でわかりやすいという特徴を持つＰｅｒｌは、データ解析の最も有用なツールのひとつとして、今やバイオインフォマティクスの定番ツールになっている。本書は、プログラミング経験のないゲノム研究者のために書かれた実用的なＰｅｒｌへの入門書。新しい研究手法として重要なプログラミングスキルを身につけながら、Ｐｅｒｌの初歩から研究現場での応用方法までを解説。すぐに役立つＰｅｒｌプログラムやプログラミング手法も取り上げている。
目次
生物学とコンピュータサイエンス
Ｐｅｒｌを始めよう
プログラミング技術
シークエンスと文字列
モチーフとループ
サブルーチンとバグ
突然変異とランダム化
遺伝暗号
制限酵素地図と正規表現
ＧｅｎＢａｎｋ
プロテインデータバンク
ＢＬＡＳＴ
その他の要点
著者等紹介
ティズダル，ジェームズ・Ｄ．［ティズダル，ジェームズＤ．］［Ｔｉｓｄａｌｌ，Ｊａｍｅｓ Ｄ．］
Ｂｅｌｌ研究所で音楽家として、プログラマ兼技術スタッフとして働き、言語学研究のためのプログラムを開発し、音楽リズム用の形式言語を発見した。ヒトゲノムプロジェクトでは、Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙのプログラマ兼システム管理者としてＤＮＡ ＷｏｒｋＢｅｎｃｈプログラムを開発した際にＰｅｒｌを使い始めた。カリフォルニア州メンローパークのＭｅｒｃａｔｏｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓではバイオコンピューティングの研究者としてＰｅｒｌを使い、代表的な遺伝病であるヘモクロマトーシスを発症する遺伝子を発見するのに貢献した。フィラデルフィアのＦｏｘ Ｃｈａｓｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｎｔｅｒではバイオインフォマティクス部門の責任者となった。最近ではペンシルバニアのＢｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ｏｆ Ｋｉｍｂｅｒｔｏｎのコンサルタントとして、またコーネル大学が提携したＢｕｒｋｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅで、アルツハイマー病やパーキンソン病のような神経変性疾患について研究している
水島洋［ミズシマヒロシ］
専門は、バイオインフォマティクス、分子生物学、医療情報学。東大薬学部では酵素精製とクローニング（配列解析はＭａｘａｍ―Ｇｉｌｂｅｒｔ法）、国立がんセンターではウィルス感染による宿主遺伝子の発現変化の研究を行った後、医療施設間ネットワークとスーパーコンピュータプロジェクトに従事。バーチャルリアリティを用いた分子モデリングなども行っている。主たる研究はゲノム情報の発現制御システムの解明。２０００年８月より客員研究員としてＮＣＢＩに留学。現在国立がんセンター研究所がん情報研究部室長、疾病ゲノムセンター併任
明石浩史［アカシヒロフミ］
専門は分子生物学、消化器内科学と医療情報学。札幌医科大学大学院で４年間、東京大学医科学研究所で２年間、遺伝子ハンティングを中心とした分子生物学の研究に従事し、その中でバイオインフォマティクスの重要性、必要性を痛感した。現在札幌医大附属情報センターにてオリジナルのゲノムシークエンス解析ツールの開発に従事している
またぬき［マタヌキ］
内科医でありながら、Ｌｉｎｕｘ ｋｅｎｒｅｌやＩＰｖ６のハッカーでもある。Ｄｅｂｉａｎ‐ＪＰプロジェクトに所属。アレゲドクター１号。ＬｉｎｕｘのＩＰｖ６機能を強化するＵＳＡＧＩ ｐｒｏｊｅｃｔにｎｅｔｆｉｌｔｅｒｖ６のｌｏｇｇｉｎｇ機能の修正を提供している。また、ネットニュースサーバＩＮＮのＩＰｖ６化においてハッカー、テスターとして貢献。Ｌｉｎｕｘ関係のドキュメントではＪＦの「Ｌｉｎｕｘ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ＨｏｗＴｏ」の日本語訳に助言を与えた。Ｄｅｂｉａｎパッケージ「ｉｐｖ６ｃａｌｃ」のメンテナでもある。日本学術振興会産学協力委員会インターネット技術第１６３委員会（ＩＴＲＣ）では第１０回研究会のｐｒｏｇｒａｍ ｃｏｎｄｕｃｔｏｒを勤めた
小林慎治［コバヤシシンジ］
情報処理技術者でありながら内科医でもある。現在、内科学専攻の大学院生として医療情報学の研究を行っている
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