目次
１章 微生物生態学とは何か（微生物生態学とは？―壮大にして複雑な系を解く；微生物生態の基礎研究―基礎研究が切り拓く新しい生命観と夢）
２章 微生物の科学（微生物の定義；微生物を形作る物質；微生物のエネルギー獲得機構）
３章 微生物生態学の方法（基本的な研究方法；新しい研究方法）
４章 微生物生態学が描き出す新しい微生物像（培養できない微生物；分解者からの脱却）
５章 微生物のフロンティア（酸素のない環境中の微生物：炭素と硫黄代謝を担う嫌気性細菌；ヒトの腸の中の微生物；地下に広がる生物圏と地球外の生命圏；火山噴火堆積物中の微生物：大地の復活と微生物の働きを考える；環境浄化の微生物）
