内容説明
Pythonでバイオインフォに取り組み、いずれは機械学習など始めたい方に。汎用的なテーブルデータ解析、可視化ライブラリを用いて、生命科学特有のシングルセル、RNA-Seq解析を実装しつつ学べる。
目次
第1章 この本の使い方と事前準備
1.1 Python を用いる理由
1.2 プログラミングを行うためのマシンの用意
他
第2章 Jupyter Notebook の使い方
2.1 Jupyter Notebook の基本操作
2.2 Jupyter Notebook の便利な機能
他
第3章 Python 速習コース
3.1 はじめに
3.2 関数とメソッド
他
第4章 文字列処理の基本 ファイルの読み書き，正規表現
4.1 文字列処理
4.2 ファイルの読み書き
他
第5章 Biopython を用いた塩基配列データの扱い方 オブジェクト指向入門
5.1 クラスを利用したプログラミング
5.2 Biopython を使った配列ファイルの読み書き
他
第6章 pandas はじめの一歩 表形式データの扱い方
6.1 準備
6.2 Series
他
第7章 RNA-Seq カウントデータの処理 pandas 実践編
7.1 準備
7.2 データファイルの読み込みとアノテーション
他
第8章 データの可視化 Matplotlib，Seaborn を用いたグラフ作成
8.1 解析環境のセットアップおよびデータの準備
8.2 Matplotlib ライブラリの使い方
他
第9章 統計的仮説検定 RNA-Seq データを用いた検定の基本からモデル選択まで
9.1 必要ライブラリのimport
9.2 基本的な用語や概念
他
第10章 シングルセル解析1 テーブルデータの前処理
10.1 はじめに
10.2 データの前処理
他
第11章 シングルセル解析2 次元削減
11.1 データ読み込み
11.2 主成分分析
他
第12章 シングルセル解析3 クラスタリング
12.1 データ読み込み
12.2 階層的クラスタリング
他
付録A NumPy 入門
A.1 NumPy のimport
他
付録B Scanpy を使ったシングルセル解析
B.1 Scanpy のimport
他
