独習 Pythonバイオ情報解析 - Jupyter、NumPy、pandas、Matp

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紙書籍版価格 ¥6,600
  • Kinoppy

独習 Pythonバイオ情報解析 - Jupyter、NumPy、pandas、Matp

  • ISBN:9784758122498

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内容説明

Pythonでバイオインフォに取り組み、いずれは機械学習など始めたい方に。汎用的なテーブルデータ解析、可視化ライブラリを用いて、生命科学特有のシングルセル、RNA-Seq解析を実装しつつ学べる。

目次

第1章 この本の使い方と事前準備
1.1 Python を用いる理由
1.2 プログラミングを行うためのマシンの用意


第2章 Jupyter Notebook の使い方
2.1 Jupyter Notebook の基本操作
2.2 Jupyter Notebook の便利な機能


第3章 Python 速習コース
3.1 はじめに
3.2 関数とメソッド


第4章 文字列処理の基本 ファイルの読み書き,正規表現
4.1 文字列処理
4.2 ファイルの読み書き


第5章 Biopython を用いた塩基配列データの扱い方 オブジェクト指向入門
5.1 クラスを利用したプログラミング
5.2 Biopython を使った配列ファイルの読み書き


第6章 pandas はじめの一歩 表形式データの扱い方
6.1 準備
6.2 Series


第7章 RNA-Seq カウントデータの処理 pandas 実践編
7.1 準備
7.2 データファイルの読み込みとアノテーション


第8章 データの可視化 Matplotlib,Seaborn を用いたグラフ作成
8.1 解析環境のセットアップおよびデータの準備
8.2 Matplotlib ライブラリの使い方


第9章 統計的仮説検定 RNA-Seq データを用いた検定の基本からモデル選択まで
9.1 必要ライブラリのimport
9.2 基本的な用語や概念


第10章 シングルセル解析1 テーブルデータの前処理
10.1 はじめに
10.2 データの前処理


第11章 シングルセル解析2 次元削減
11.1 データ読み込み
11.2 主成分分析


第12章 シングルセル解析3 クラスタリング
12.1 データ読み込み
12.2 階層的クラスタリング


付録A NumPy 入門
A.1 NumPy のimport


付録B Scanpy を使ったシングルセル解析
B.1 Scanpy のimport